Niedokorekcja dotyczy 4% zabiegów metodą LASIK. Po 10 latach od zabiegu około 66,7% pacjentów ma krótkowzroczność powyżej -1 dioptrii, co kwalifikuje do używania okularów. Jednym z powodów powrotu wady jest zgrubienie nabłonka w miejscu wycięcia istoty właściwej rogówki. Zapalenie rogówki przechodzi 2,66% pacjentów. Zabiegi chirurgii refrakcyjnej sprawiają, że rogówka jest cieńsza, przez co bardziej narażona na infekcje i alergie. W skrajnym przypadku (między 0,04 a 0,6% pacjentów) może dojść do jej mechanicznego odkształcenia - ektazji (patrz stożek rogówki), a nawet konieczności przeszczepienia rogówki. Płatek tworzony w trakcie operacji nie goi się, dlatego aby uniknąć jego przemieszczenia, zaleca się ochronę oka w trakcie aktywności fizycznej. U około 1% pacjentów komórki nabłonka wrastają pod płatek. W trakcie zabiegu uszkodzone zostają nerwy. Unerwienie nie wraca do stanu sprzed operacji. U niektórych pacjentów regeneracja nie przebiega prawidłowo, skutkując permanentnym bólem i koniecznością zażywania silnych środków przeciwbólowych lub usunięciem oka (enukleacja). Chirurgia refrakcyjna zaburza mechanizm odpowiedzialny za komunikację z gruczołami łzowymi oraz częstotliwość mrugania. To z kolei przyczynia się do dysfunkcji gruczołów Meiboma i problemów z warstwą lipidową filmu łzowego.