Został aresztowany przez Gestapo (6 października 1941) i osadzony w obozie przejściowym w Lądzie, a następnie trafił do niemieckiego obozu koncentracyjnego Dachau (30 października). Zmarł 16 maja 1942 r. (według źródeł niemieckich). O jego męczeństwie napisał po wojnie towarzysz z obozu, ks. T. Rulski, na łamach „Wiadomości Archidiecezjalnych Warszawskich”.
Jego stosunek do św. Jana Bosko zaowocował miłosierdziem w stosunku do biednych i potrzebujących pomocy, a także przekazaniem prywatnego majątku na rzecz salezjanów. Dzięki tej hojności powstała w zakupionym majątku kaplica i szkoła. Ofiarodawcę uczczono nazywając zakład salezjański jego imieniem, a w 1991 roku zmieniono nazwą wsi Gnojno Parcel na Woźniaków. W 2001 w kościele ufundowano ołtarz ku czci bł. ks. Michała Woźniaka.
Ks. Woźniak pozostawił po sobie wspomnienia z lat 1911–1940 (z przerwą w latach 20.), wydane drukiem przez ks. L. Królika (Kronika Parafii Chojnata, Warszawa 1995 i Wspomnienia, Warszawa 1999). Ponadto kilkanaście artykułów autorstwa ks.