Upakowanie w pełni sprawnego komputera w tak niewielkiej przestrzeni odbywa się kosztem jego wydajności. Najwyraźniej objawia się to w czasie transmisji po magistrali danych. Karta graficzna zintegrowana z chipsetem nie ma własnej pamięci a wykorzystuje zasoby pamięci RAM komputera, tym samym ograniczając je. Aby zaoszczędzić miejsce, producenci rezygnują z coraz mniej potrzebnego złącza dla stacji dysków.
Trudności te rekompensuje fakt, że raz uruchomiony sprzęt tego typu działa niezawodnie przez długi czas, nawet w ciężkich warunkach środowiskowych.
System operacyjny i aplikacje Komputer przemysłowy, dzięki wybraniu procesora o architekturze IA-32, często jest kompatybilny ze zwykłym komputerem osobistym PC. Dlatego można stosować na nim popularne systemy operacyjne takie jak GNU/Linux, Microsoft Windows. Ze względu na zastosowanie w kontrolowaniu procesów, zwykle uruchamiane są na nich systemy operacyjne czasu rzeczywistego takie jak QNX, RTLinux lub Windows CE. Niektórzy producenci dostarczają całościowe rozwiązanie – sprzęt razem z kompatybilnym systemem operacyjnym – na przykład VxWorks.