Wady Istnieją także pewne niedogodności w używaniu komputerów tego typu, związane z jego budową. Taki komputer to w zasadzie "goła" płytka. Chociaż może pracować w trudnym środowisku, jednak w tej postaci jest nieodporna na uszkodzenia mechaniczne. Pomimo że procesor i chipset skryte są pod radiatorem, pozostałe elementy elektroniczne a także złącza mogą łatwo ulec uszkodzeniu. Dlatego takie komputery umieszcza się w specjalnych obudowach. Obudowy te są gotowe do łączenia w formę szafek, lub do przymocowania na ścianie. Zwykle wyposażone są w silne i wytrzymałe wentylatory chłodzące komputer i przyłączone do niego przez PC-104 karty oraz w zasilacz.
Druga niedogodność wiąże się z przewodami, kablami i taśmami przyłączanymi do płyty głównej. Komputer jest mały i w sytuacji podłączenia do niego wielu urządzeń peryferyjnych, szybko na niewielkiej przestrzeni powstaje plątanina przewodów. Sprawa komplikuje się jeszcze bardziej, gdy przez PC-104 podłączone zostaną na przykład odbiornik GPS (przewód do anteny), modem (przewód do sieci telefonicznej), karta pomiarowa (kilkanaście a nawet kilkadziesiąt cienkich przewodów, lub jedna taśma) i karta multipleksera.