Po ataku wojsk niemieckich i upadku Francji pod koniec czerwca, powrócił 1 lipca wraz z F. Debeauvais do Bretanii. Reaktywował działalność PNB i zaczął wydawać pismo „L'Heure Bretonne”. Po kongresie w Pontivy, na którym utworzono Bretoński Komitet Narodowy, O. Mordrel pod koniec października przejął przywództwo w PNB i rozpoczął prowadzenie kampanii przeciw Francji Vichy. Nie przyniosła ona efektu, gdyż Niemcy poparli marszałka Philippe’a Pétaina, wycofując się jednocześnie z oficjalnej pomocy nacjonalistom bretońskim. W tej sytuacji O. Mordrel pod koniec 1940 r. wystąpił z PNB. W styczniu 1941 r. przybył do Niemiec. Zaczął wykładać języki celtyckie na uniwersytecie w Bonn. Jednakże już w maju powrócił do Francji. Zamieszkał w miejscowości Mayenne, gdzie prowadził spotkania z działaczami bretońskimi, jak Jean Merrien, Rafig Tullou, Jean Trécan, czy René-Yves Creston. Wznowił też wydawanie pisma „Stur”. We wrześniu 1943 r. przeniósł się do Rennes. Powrócił do kierownictwa PNB. Niemcy traktowali go jako alternatywę dla rządów Vichy. Kiedy alianci w sierpniu 1944 r. zajęli Bretanię, O. Mordrel zbiegł do Niemiec. W lutym 1945 r. z ramienia PNB prowadził rozmowy z przywódcą Francuskiej Partii Ludowej Jakiem Doriotem w sprawie przyszłości Bretanii.