W przypadku obu tych hipotez znaleźć można dowody morfologiczne świadczące na ich korzyść.
Hipoteza historyczna, jakoby skoczogonki w ogóle nie należały do sześcionogów jest odrzucana przez współczesne analizy filogenomiczne.
Podział systematyczny Tradycyjnie do skoczogonków zaliczano dwa podrzędy: wolnopierścieniowe (Arthropleona) i zrosłopierścieniowe (Symphypleona), później wyróżniono również Neelipleona, jednak nie wszyscy taksonomowie zgadzali się z taką interpretacją. W niektórych klasyfikacjach wyróżniano Entomobryomorpha, Neelipleona, Poduromorpha i Symphypleona, w innych Entomobryomorpha i Poduromorpha uznawano za podgrupy wewnątrz Arthropleona. W analizach filogenetycznych przeprowadzonych przez Haesego (2002) oraz Luana i współpracowników (2005) grupa Symphypleona była parafiletyczna. U Haesego parafiletyczne były również Entobryomorpha, zaś monofiletyczne – Poduromorpha, podczas gdy w analizach Luanga i in. monofiletyczne były zarówno Entobryomorpha, jak i Poduromorpha (a tym samym również Arthropleona jako całość). Wyniki analizy rybosomowego RNA 18S i 28S przeprowadzonej przez Gao i innych w 2008 wykazały, że zaliczane wcześniej do Symphypleona Neelidae stanowią bazalną linię ewolucyjną wśród współczesnych skoczogonków, stąd przywrócono do klasyfikacji Neelipleona.