Ma to związek z faktem, że skrytoszczękie mogą być taksonem parafiletycznym, w szczególności część analiz filogenetycznych rozpoznaje widłogonki jako bliższe owadom niż skoczogonkom i pierwogonkom.
Filogeneza Kladogram sześcionogów wg Kjeret al., 2016
Kladogram sześcionogów wg Luan et al., 2005
Relacje pokrewieństwa pomiędzy poszczególnymi gromadami sześcionogów nie zostały jednoznacznie rozpracowane. Współczesne molekularne analizy filogenetyczne wskazują na jedną z dwóch opcji. Według pierwszej skoczogonki są grupą siostrzaną dla kladu obejmującego pierwogonki i widłogonki i wraz z nimi formują klad skrytoszczękich, zajmujący z kolei siostrzaną pozycję względem owadów (jawnoszczękich). Takie wyniki otrzymał m.in. zespół Luan Y. w 2005 roku. Według drugiej opcji skoczogonki zajmują pozycję siostrzaną względem pierwogonków, formując z nimi klad Ellipura, natomiast widłogonki zajmują pozycję siostrzaną względem owadów, tworząc z nimi klad Cercophora. Takie wyniki otrzymał m.in. zespół Karla Kjera w 2016 roku.