Ponieważ pochodził on z południa, licząc na przekonanie wyborców z północy, partia promowała senatora z Nowego Jorku Aarona Burra jako swojego kandydata na stanowisko wiceprezydenta.
Przebieg kampanii Członkowie obu głównych frakcji politycznych prowadzili kampanię wyborczą często wychodząc poza swoje macierzyste regiony i stany, aby pozyskać jak największe ogólnokrajowe poparcie dla swoich kandydatów. Był to początek wczesnego systemu partyjnego w Stanach Zjednoczonych.
Kampania wyborcza była prowadzona za pomocą ulotek, pamfletów i artykułów publikowanych w gazetach wspierających danego kandydata. Obfitowała w liczne ataki nie tylko pod adresem kandydatów, ale także ich zwolenników.
Zwolennicy Thomasa Jeffersona zarzucali Johnowi Adamsowi, że wykazuje sympatie wobec ustroju monarchistycznego i spiskuje, aby uczynić swoich synów panami feudalnymi. Rozpuszczali też plotkę, jakoby Adams chciał ożenić swojego syna z angielską kobietą, oddać Stany Zjednoczone Wielkiej Brytanii i zostać królem. Nazywali go złośliwie His Rotundity (z ang. Jego Pękatość).