thumb|Plan Nysy z 1890 Mimo tego twierdza stawała się przestarzała (m.in. z powodu powszechnego zastosowania skuteczniejszych dział z gwintowanymi lufami). Zaczął się proces jej stopniowej likwidacji i przejmowania na cele cywilne – początkowo na potrzeby nowej miejskiej gazowni. Rozporządzenie z 1889 r. przewidywało całkowite rozbrojenie twierdzy. W 1895 zlikwidowano w Nysie główny odwach, w 1903 miasto straciło status twierdzyWedług już w 1887 straciło status twierdzy i stało się „miejscem umocnionym”. i zaczęło się jeszcze intensywniejsze adaptowanie konstrukcji na inne cele (magazyny i więzienia) oraz wyburzanie.

XX wiek W 1910 wybudowano kasyno oficerskie w reducie Kapucyńskiej. W tym samym roku przekształcono Fort Wodny na magazyn amunicji, a w 1914 Fort Prusy na magazyn sprzętu wojskowego. W reducie Jerozolimskiej mieściła się izolatka wojskowego szpitala rezerwy.

W okresie I wojny światowej w byłej już twierdzy mieściły się obozy jenieckie – przetrzymywano tutaj m.in. Charles’a de Gaulle’a. Podobną funkcję pełniła twierdza w okresie powstań śląskich – w 1921 w Forcie Ziemnym przetrzymywano powstańców.