XIX wiek thumb|Plany Twierdzy Nysa i okolic w 1807 Na początku 19. stulecia Nysa była jedną z najlepszych fortec w Europie, o czym przekonały się wojska napoleońskie w 1807, które przez 114 dni oblegały miasto. Przez ten okres trwał intensywny ostrzał przez ciężką artylerię (w mieście ocalało tylko 5 domów), a i tak dopiero brak nadziei na odsiecz oraz kończąca się amunicja i żywność zmusiły obrońców do kapitulacji. Podpisano ją 3 czerwca 1807. Przejęcie twierdzy przez oblegających nastąpiło 16 czerwca 1807.
Po wojnach napoleońskich, w latach 1809–1812 wykonano naprawę uszkodzeń w budowlach ziemnych i murowanych, w latach 1839–1849 wykonano drobne przebudowy.
W II połowie XIX wieku przeprowadzono prace, które zmieniły ją w twierdzę w stylu nowopruskim (w odróżnieniu od staropruskiego, jakim określa się twierdzę z XVIII wieku).
W latach 1865–1888 rozbudowano na przedpolu forty (I-III, A-C) oraz zmodernizowano Obwałowania Wysokie. Powstał też nowy zespół kolejowy (Obwałowania Kolejowe). Przebudowano także Fort Prusy – zyskał postać czworobocznej lunety, otoczonej wałami ziemnymi, zamkniętej wałem szyjowym.