Faktem jest też, że od VI wieku nauczanie Teodora, opracowane przez Babaja Wielkiego, stanowiły podstawę doktryny Kościoła Wschodu, a Teodor z Mopsuestii do dziś pozostaje jego doktorem i świętym.
Dzieła Teodor pozostawił ogromny dorobek piśmienniczy. Wśród jego dzieł były komentarze do tekstów świętych. Jako teolog rozwinął metodę krytycznej egzegezy tekstów biblijnych. Pisał rozprawy teologiczne, z których najsłynniejsza to 15-tomowa De incarnatione (O Wcieleniu). Głosił też homilie katechetyczne do katechumenów, kazania, pisał listy. Jego pisarski dorobek jednak w dużej części zaginął.
Wydania krytyczne Są dostępne następujące wydania krytyczne ; PG t. 66.
Zostały wygłoszone i spisane w języku syryjskim do katechumenów. Dotyczą Modlitwy Pańskiej oraz sakramentów Eucharystii i chrztu. Pierwszego wydania syryjsko-angielskiego dokonał A. Minagna w 1933 r.: Commentary of Theodore of Mopsuestia on the Lord's Prayer and on the Sacraments of Baptism and Eucharist, Woodbroke Std.6, Cambridge, Wlk. BrytaniaPor. omówienie nauczania chrzcielnego Teodora: .