Latem 1993 roku Aguilera przeszedł do innego hiszpańskiego pierwszoligowca, CD Tenerife. W jego barwach swój pierwszy mecz zaliczył 5 września przeciwko UE Lleida, wygrany przez wyspiarzy 1:0. W Tenerife był podstawowym zawodnikiem zespołu, a największy sukces osiągnął w sezonie 1995/1996, gdy zajął z tym klubem 5. miejsce w lidze, gwarantujące start w Pucharze UEFA. W zespole z Estadio de Tenerife był jedną z wiodących postaci obok Juana Antonia Pizziego, Juanele, Czecha Pavla Hapala czy Serba Slavišy Jokanovicia. W Tenerife spędził trzy sezony i zagrał w 88 meczach i zdobył 6 goli.

W 1996 roku Aguilera wrócił do Atlético, będącego wówczas mistrzem Hiszpanii. W tamtym sezonie występował w fazie grupowej Ligi Mistrzów i z zespołem tym dotarł do ćwierćfinału, w którym lepszy okazał się holenderski AFC Ajax. W Atlético przez kolejne lata był podstawowym graczem linii obrony, jednak nie osiągnął takich sukcesów, jak przed odejściem do Tenerife. W 2000 roku zespół zajął przedostatnią 19. pozycję w Primera División i spadł do Segunda División. W drugiej lidze Aguilera grał przez dwa sezony, a w latach 2002–2005 z powrotem grał w pierwszej lidze. W 2005 roku zakończył piłkarską karierę w wieku 36 lat.