W związku z powyższym, czas leczenia klonazepamem powinien być jak najkrótszy i nie powinien przekraczać kilku tygodni, włącznie z okresem stopniowego odstawiania leku.
Należy zachować ostrożność podczas podawania leku osobom z zaburzeniami czynności wątroby i nerek, z przewlekłymi chorobami dróg oddechowych i u pacjentów z uzależnieniem alkoholowym (alkohol wzmacnia działanie klonazepamu i może doprowadzić do wystąpienia reakcji paradoksalnych i upojenia patologicznego) oraz z zaburzeniami osobowości oraz świadomości. Poza tym, stosowanie klonazepamu nie jest wskazane przy następujących schorzeniach: zaburzenia oddychania (zwłaszcza ciężka niewydolność oddechowa), miastenia oraz jaskra z zamkniętym kątem przesączania. Ponieważ klonazepam przenika przez barierę krew-mózg oraz przez łożysko, nie powinno go się również stosować podczas ciąży oraz w okresie karmienia piersią, jednak dopuszcza się wyjątki, kiedy to podanie leku matce jest bezwzględnie konieczne.