Wielkim ciosem dla pisarza był pożar jego biblioteki w 1623 – swoje rozgoryczenie wyraził w utworze Execration upon Vulcan. W 1628 otrzymał posadę miejskiego kronikarza Londynu, nie wywiązywał się jednak rzetelnie ze swoich zadań. Jako że w tym samym roku przeszedł wylew, który znacznie nadszarpnął jego stan fizyczny, posada kronikarza ostatecznie stała się synekurą. W ostatnich latach życia był materialnie zależny od swego przyjaciela i mecenasa, Williama Cavendisha, księcia Newcastle.
Jonson był autorem wszechstronnym, w niełaskę popadł wraz ze wstąpieniem na tron króla Karola I w 1625. Zmarł nie ukończywszy kolejnej sztuki, The Sad Shepherd (istnieją tylko dwa jej akty), która cechuje się nowatorstwem i mogła być zapowiedzią zmiany kierunku w twórczości Jonsona.
Jonson pisał też epigramaty. Jednym z nich jest fraszka Do doktora Empiryka.