Szucha, a który trzymał w swych rękach wszystkie nici organizacyjne Wydziału Bojowego, spowodowało, że członkowie PLAN-u rozproszyli się i nie został on już w pełni odtworzony.
Niewielka grupa spośród ocalałych z aresztowań członków PLAN-u z Cezarym Szemleyem na czele podjęła próby odtworzenia organizacji. Mimo używania dawnej nazwy, de facto była to już nowa organizacja, stąd w literaturze nazywana jest często PLAN II. W ramach akcji scaleniowej PLAN przystąpił do ZWZ, zachowując autonomię polityczną. PLAN wydawał pisma Rzeczpospolita i Polska Ludowa. Organizacja miała charakter demokratyczny, lewicowy, antyklerykalny. Była zwolennikiem szerokiej nacjonalizacji gospodarki i powstania federacji narodów Europy Wschodniej. W 1943 PLAN udzielił szerokiej pomocy ŻOB i ŻZW.
Głównym twórcą programu politycznego PLAN był Wacław Barcikowski. We władzach organizacji znaleźli się również Jan Nepomucen Miller i Stefan Kurowski (właśc. Warszawski). Ze względu na krytykę koncepcji „stania z bronią u nogi” PLAN zaczął coraz bardziej dystansować się od AK. W 1943 PLAN współorganizował Naczelny Komitet Ludowy, a w 1944 Centralny Komitet Ludowy. Oddziały zbrojne PLAN-u weszły w skład Polskiej Armii Ludowej.