Dzięki wsparciu biskupa Piotra Tylickiego Wadowita wyjechał na studia na Uniwersytet w Padwie oraz do Rzymu, gdzie uczył się w Kolegium Jezuitów. Podczas swojego pobytu w Rzymie wygłosił m.in. rekolekcje przed papieżem Klemensem VIII, który – zadowolony i rozbawiony manierami Polaka – miał wykrzyknąćA. Komoniecki, Dziejopis żywiecki, Biblioteka Jagiellońska, rkps 3410, k. 157:
W jezuickim kolegium uzyskał tytuł doktora świętej teologii w 1606 roku. Powrócił do kraju, w którym trwał ostry konflikt między Akademią Krakowską a jezuitami o kontrolę nad systemem edukacji. Mimo swojego wykształcenia, Wadowita wziął stronę swojej pierwszej Almae Matris, reprezentował ją w rozmaitych sporach z jezuitami chcącymi otwierać kolegia w wielu miastach Polski. Ostatecznie konflikt zakończył Sejm w 1633 roku, którego uchwała nakazywała zamknąć szkoły jezuickie w Krakowie.
W 1608 słuchaczem jego dysputy był przyszły król Polski, królewicz Władysław Waza. W latach 1618–1639 Wadowita wielokrotnie wybierany był na dziekana teologii na krakowskiej uczelni.