Życiorys Marcin Wadowita urodził się w Wadowicach, w rodzinie Mateusza Kępki, rajcy miejskiego. Niewiele wiadomo na temat jego dzieciństwa, nawet data urodzin nie jest pewna: w literaturze przedmiotu często pojawiają się daty 1567 lub 1570, jednak należy je traktować z rezerwą. W 1583 wstąpił w grupie 114 nowych studentów do Akademii Krakowskiej. Stopień magistra sztuk uzyskał w 1590, jako pierwszy wadowiczanin w historii.
Od tego czasu jego kariera kościelna znacznie przyspieszyła. W 1602 został kanonikiem w kościele św. Anny, w 1609 kanonikiem, a w 1617 prepozytem kolegiackiego kościoła św. Floriana na Kleparzu. Był kaznodzieją katedralnym i proboszczem w Opatowcu, a także w Starym Korczynie. Równolegle rozwijała się jego kariera akademicka. Jako magister sztuk wykładał w Collegium Minus i we Włocławku, jednocześnie prowadził studia teologiczne w Collegium Maius. W 1600 powierzono mu prestiżową funkcję dziekana Wydziału Filozoficznego. W 1602 zdał egzamin przed profesorem Janem Barskim i został diakonem i prezbiterem, w rok później otrzymał bakalaureat z teologii, a w kolejnym roku został profesorem na wydziale teologicznym.