papież Innocenty X dokumentem Super extinctione et suppressione parvorum conventuum likwiduje klasztor, przekształcając kościół opactwa w kościół parafialny pozostający w jurysdykcji biskupa Comacchio.
W 1802 r. w następstwie napoleońskiej polityki znoszenia zakonów, ex-opactwo z przylegającymi do niego terenami zostaje upaństwowione i wystawione na sprzedaż. Następnie zostaje kupione przez Alessandro Guiccioli z Rawenny, który przystosowuje niektóre budynki do użytku rolniczego. W tym samym czasie kolekcja pergaminów zostaje podzielona i wywieziona na skutek polecenia Napoleona, aby zgromadzić w Mediolanie archiwa kasowanych zakonów. Największa część zbioru (2927 pergaminów) poprzez kupna i darowizny osób prywatnych dociera do Monte Cassino, ok. 1000 znajduje się w Archiwum Państwowym w Rzymie, 185 dociera do Mediolanu, a 52 do Ferrary.
Po zjednoczeniu Włoch państwo stopniowo odzyskuje zabytkowy kompleks Pomposy. Prace nad odrestaurowaniem opactwa zaczynają się w latach 1925–1930 i są kontynuowane po 1960 r. W 1977 r. założone zostaje muzeum gromadzące eksponaty związane z historią opactwa.