Wiosną 1577, Winkelbruch wyszedł na czele armii z miasta i postanowił zaatakować wojska koronne hetmana Jana Zborowskiego stacjonujące pod Tczewem. 17 kwietnia 1577 doszło do rozstrzygającej bitwy pod Lubiszewem, w której wojsko gdańskie zostało rozgromione przez szarżę husarii koronnej i poniosło klęskę.
Następnie wojska Batorego podeszły pod Gdańsk i przystąpiły do oblężenia miasta. Oblężenie trwało do końca roku 1577 i było zupełnie nieefektywne. Armia królewska nie była zdolna stawić czoła nowoczesnym systemom fortyfikacyjnym, nie posiadała również wystarczającej liczby armat i żołnierzy niezbędnych do skutecznego przeprowadzenia działań oblężniczych. Klęską dla Batorego zakończyła się także próba zdobycia Twierdzy Wisłoujście, broniącej wstępu do gdańskiego portu. Wojska polskie ponosiły również porażki w wyniku kontrataków mieszczan. W grudniu polski król uległ i przy mediacji niemieckich książąt Brandenburgii i Saksonii zawarł porozumienie z Gdańskiem.