Zamiar króla był niezwykle trudny, gdyż Gdańsk, jako największe i najpotężniejsze miasto Rzeczypospolitej Obojga Narodów, posiadał najnowocześniejsze i największe fortyfikacje, natomiast dzięki swojej niezależności posiadał liczne stosunki z obcymi mocarstwami, co rodziło niebezpieczeństwo, iż spór może się przeistoczyć w konflikt międzynarodowy.
Szlachta nie była skora do poparcia dążeń królewskich. Wiązało się to z jej sarmacką mentalnością, przedkładającą kompromis nad rozwiązania siłowe. Sejm obradujący w Toruniu jesienią roku 1576, odmówił królowi uchwalenia podatków na wojnę, ale wyraził zgodę na zwołanie pospolitego ruszenia. Sąd królewski ogłosił banicję Gdańska, skutkiem czego aresztowano gdańskich posłów oraz przystąpiono do konfiskaty towarów należących do obywateli tego miasta. Król nakazał również skierowanie polskiego handlu bałtyckiego do Elbląga.
W tej sytuacji władze gdańskie zawiązały porozumienie z Danią, która zobowiązała się do blokady morskiej portu elbląskiego. Przystąpiono również do przygotowań wojennych. Z Niemiec sprowadzono doświadczonego dowódcę wojskowego Jana Winkelbrucha, który stanął na czele armii gdańskiej złożonej z zaciężnej piechoty i jazdy oraz chorągwi cechowych. W sumie siły gdańskie liczyły 11 tysięcy jednostek piechoty i 800 jazdy.