Preszowscy ewangelicy zorganizowali się w trzy wspólnoty narodowe. Protestanci narodowości niemieckiej przejęli obecny kościół św. Mikołaja, narodowości słowackiej – obecną katedrę greckokatolicką św. Jana Chrzciciela, zaś węgierskiej w roku 1565 postawili własny kościółek na południe od dzisiejszej ulicy Slovenskej w dzielnicy zwanej Quintum quartale. Gdy ta niewielka świątynia przestała im wystarczać, podjęli budowę nowej na miejscu po zanikłym kościele św. Władysława. Budowa miała znaczne poparcie Daniela Lengfelnera, który był preszowskim wójtem w latach 1642-1648, a następnie 1653–1656.
Kamień węgielny poświęcił w 1642 r. pochodzący z Czech duchowny protestancki Jakob Jakobeus (1591-1645). Budowę ukończono i kościół poświęcono już po jego śmierci, w 1647 r. Po odkryciu w 1670 r. tzw. spisku Wesselényiego, co znacznie spotęgowało ucisk habsburski na Węgrzech i nasiliło kontrreformacjęFelczak Wacław: Historia Węgier, wyd. II poprawione i uzupełnione, Zakład Narodowy im. Ossolińskich – Wydawnictwo, Wrocław 1983, , s. 150-151, w 1671 r. kościół został odebrany ewangelikom i przekazany zakonowi jezuitów. Po zdobyciu Preszowa w 1682 r. przez kuruców Emeryka Thökölyego kościół powrócił do społeczności ewangelików, jednak w roku 1687, po upadku powstania, ponownie przeszedł w ręce jezuitów.