Niektórzy wskazują na Egipt jako prawdopodobne miejsce powstania rękopisu.
Historia kodeksu aż do wieku XVII pozostaje nieznana. Pierwszym znanym właścicielem był Paulus Junius (zm. 1670), rektor gimnazjum w Lejdzie. Po jego śmierci posiadł go Peter Franz (zm. 1704), nauczyciel gimnazjum z Amsterdamu. Po śmierci Franza jego biblioteka została wystawiona na aukcję, w 1705 roku zakupił go, za sumę 142 guldenów, Christian Friedrich Boerner (zm. 1753), profesor teologii z Lipska. Od jego nazwiska pochodzi obecna nazwa kodeksu. W październiku 1719 roku wypożyczył go od Boernera Richard Bentley i trzymał go przez pięć lat. Prawdopodobnie rękopis pozostałby w Cambridge na zawsze „gdyby Boerner nie poruszył nieba i ziemi”. Wedle świadectwa syna z roku 1754 Boerner oferował Bentleyowi wielkie sumy, by otrzymać z powrotem swój rękopis. Wedle Scrivenera musiało dojść do obustronnego nieporozumienia (komentując Rz 3,9 kodeksu Augiensis powołał się na niniejszy rękopis i nazwał go swoim rękopisem). Bentley sporządził kopię rękopisu (Trin. Coll. B. XVII.19). Po śmierci Boernera jego biblioteka została wystawiona na sprzedaż. Od roku 1778 przechowywany jest w Dreźnie. Obecnie przechowywany jest w Sächsischen Landesbibliothek, pod numerem A 145b.