11 lipca 1941 prezydent Roosevelt mianował Donovana dyrektorem nowej agencji wywiadu zagranicznego, nadając mu tytuł Koordynatora Informacji (strategicznej), Coordinator of Strategic Information. Stephenson depeszował do Dyrektora Generalnego MI6, Menziesa – Może pan sobie wyobrazić, jaką ulgę odczułem na wieść, że na stanowisku o tak wielkim znaczeniu znalazł się nasz człowiek... Początkowo prezydent chciał Donovana przywrócić do służby czynnej, ustąpił jednak wobec opozycji US Army i Kongresu. Donovan rozpoczął więc karierę wywiadowczą jako cywil (mundur przywdział ponownie dopiero 7 grudnia 1941). Często mówiono o nim „generał Donovan”, generałem brygady został jednak dopiero w marcu 1943, a w listopadzie 1944 mianowano go generałem majorem.
Początki nowej agencji, na czele której stanął Donovan, nie były zbyt pomyślne. Już w lipcu 1942, Donovan o mało nie stracił OSS, wydając rozkaz dokonania serii włamań do ambasady hiszpańskiej w Waszyngtonie. Tylko interwencja JCS zdołała uratować OSS i Donovana przed wściekłym dyrektorem FBI Hooverem.