Almagro zapewnił go, że sam dostarczy te konie i żeby Hernando martwił się jedynie o swego własnego. Dał mu na to swoje słowo, którego ostatecznie nie dotrzymał. Hernando wyzwał go więc od oszustów i krętaczy. Ta sytuacja była powodem, dla którego między konkwistadorami zawsze trwał spórPizarro Pedro, Relacja o odkryciu i podboju królestwa Peru, wyd. Novus Orbis, Gdańsk 1995, s.8.
Wiadomość o tych wydarzeniach dotarła na dwór króla Karola V, który był oburzony samosądem jaki Hiszpan dokonał na swoim byłym partnerze. Wezwał go z powrotem do Hiszpanii. Hernando był przekonany, że przywożąc ze sobą peruwiańskie złoto uniknie kary gdyż zdoła tym przekupić króla. Wyjeżdżając ostrzegł brata, przed synem almagritas, którzy będą skłonni pomścić śmierć swego dowódcy, jednak Francisco go nie posłuchał i wkrótce zginął z ich rąk. Hernando po powrocie do Hiszpanii został aresztowany zanim zdążył zejść ze statku. Skazany przez króla spędził dwadzieścia lat w więzieniu w zamku La Mota w Medina del Campo, z którego wyszedł w 1561 roku jako ślepy, zgarbiony, siwowłosy starzec podpierający się laską.