To, czy białko w danej chwili przepuszcza aniony chlorków, czy też nie, zależy od fragmentu regulatorowego. Tworzą go do domeny wiążące nukleotydy (ang. nucleotide binding domains, NBD), które są w cząsteczce 2, a także domena regulacyjna, posiadająca reszt skupienie seryny, której grupy wodorotlenowe (-OH) mogą ulegać fosforylacji.
Funkcja W stanie spoczynku kanał błonowy jest zamknięty, konformacja cząsteczki nie pozwala na swobodny przepływ jonów Cl-. Jeśli jednak do domen NBD przyłączy się odpowiednia cząsteczka nukleotydu ATP, który ulega tam hydrolizie (defosforylacji), a jednocześnie do seryn domeny regulatorowej przyłączy się reszta fosforanowa, powodując ich fosforylację, zmieni się konformacja cząsteczki, powodując otwarcie kanału i umożliwienie chlorkom wędrówki przez błonę. Białko zaś wraca później do normy, ponownie zmieniając konformację.
W fosforylacji seryn biorą udział białka regulatorowe: kinaza proteinowa A (PKA) oraz kinaza PP2A.