Rozstał się z żoną, która wróciła do Modeny i tam sama wychowywał ich dwóch synów.
Karlistowski pretendent Juan Carlos nie odegrał żadnej roli w 1860 roku, podczas powstania karlistów, dowodzonego przez jego starszego brata – Carlosa Luisa, hrabiego Montemolín. 21 kwietnia Carlos Luis został pojmany przez oddziały Izabeli II i zmuszony do zrzeczenia się swoich praw do korony. 2 czerwca Juan Carlos wydał deklarację, w której ogłosił się królem Hiszpanii jako Jan III (Juan III), mimo że dotychczas nosił tytuł hrabiego Montizón. W deklaracji wspomniał o postępie, co zniechęciło do niego wielu konserwatywnych karlistów, którzy odmówili wspierania go.
Kiedy Juan Carlos opuścił Hiszpanię, jego brat stwierdził, że jego abdykacja jest nieważna, 15 czerwca oświadczył, że podpisał abdykację wbrew swojej woli. Juan Carlos odmówił uznania deklaracji brata i zanim Carlos Luis zmarł w styczniu 1861 roku, było jednocześnie dwóch karlistowskich pretendentów do tronu Hiszpanii. W latach 60. XIX wieku popularność królowej Izabeli II ciągle malała, a Juan Carlos ze względu na liberalne poglądy nie był dla karlistów odpowiednim pretendentem. W 1866 roku jego starszy syn, Carlos (wtedy osiemnastoletni), poprosił ojca, aby abdykował na jego rzecz, ale Juan Carlos odmówił.