Chory odczuwał senność i zasypiał na 1–2 tygodnie. Następnie albo zdrowiał, albo zapadał w stan mutyzmu akinetycznego i umierał. Faza ostra mogła przechodzić w fazę przewlekłą, mogła też ulec zatrzymaniu i nie postępować; faza przewlekła pojawiała się również bez poprzedzającej fazy ostrej.
Dla przewlekłej fazy śpiączkowego zapalenia mózgu charakterystyczne były: tzw. napady wejrzeniowe (przełomy wejrzeniowe, łac. crises oculogyres, ang. oculogyral spasms), polegające na trwającym sekundy-godziny napadowym, skojarzonym ustawieniu gałek ocznych ku górze, rzadziej w bok albo w dół. Próby zmiany ułożenia gałek ocznych były nieskuteczne, chorzy często skręcali głowę dostosowując ją do kierunku spojrzenia i upadali ku tyłowi. Towarzyszyły temu zaburzenia ostrości wzroku; objawy parkinsonizmu pośpiączkowego: akinezja, amimia, łojotok, ślinienie, łzawienie, wzmożone napięcie mięśni typu plastycznego, drżenie, dyskinezje (ruchy choreoatetotyczne, mioklonie, bradykinezje), brak współruchów, postawa zgięciowa, mikrografia;