Na wysokości ołtarza głównego znajdują się dwie kaplice. Kaplica po stronie prawej to kaplica Sykstusa V, nazywana jest też kaplicą Sykstyńską. Zbudowana pod koniec XVI wieku według projektu Domenico Fontany, na planie krzyża greckiego z kopułą nad centralną częścią. Znajdują się w niej nagrobki Sykstusa V i Piusa V. Płaskorzeźby zdobiące nagrobek Sykstusa V obrazują ważniejsze wydarzenia mające miejsce podczas jego pontyfikatu. Wśród nich jest scena obrazująca pojednanie pomiędzy Zygmuntem III a arcyksięciem Maksymilianem, do którego przyczynił się legat papieski, kardynał Hipolit Aldobrandini (późniejszy Klemens VIII). Osoby biorące udział w tej scenie nie wykazują podobieństwa do postaci historycznych (wyjątkiem jest legat papieski), sama sceneria też jest fantazyjna. Rzeźbiarz akcję umiejscowił w Rzymie (widoczna jest w tle bazylika św. Jana na Lateranie).
Kaplica po lewej stronie, podobna w założeniach, zbudowana została zgodnie z projektem Flaminio Ponzio, ukończono ją w 1613. Jest to kaplica Pawłowa (od pontyfikatu Pawła V) albo Borghese (od rodowego nazwiska papieża). Znajdują się w niej nagrobki Pawła V i Klemensa VIII. Polskim śladem jest fresk przedstawiający świętą Kingę wśród dwóch innych niewiast.