Wzdłuż ścian nawy głównej, powyżej kolumn, znajdują się mozaiki z V wieku przedstawiające sceny ze Starego Testamentu. Łuk tęczowy zdobią pasy mozaiki wykonane w latach 432–440. Ukazują sceny z Nowego Testamentu, tworząc cykl poświęcony Matce Bożej. Widoczna jest scena Zwiastowania, Pokłon Trzech Mędrców, Rzeź Niewiniątek. Pośrodku łuku przedstawiony jest tron Boga-Ojca pomiędzy św. Piotrem i św. Pawłem oraz symbole ewangelistów. U podstawy łuku, po stronie prawej, mozaika przedstawia Betlejem, do którego zmierza lud pogański ex Gentibus; po stronie lewej – Jerozolima i lud żydowski ex Circoncisione (Kościół Obrzezanych). Jest to symboliczne ukazanie ludu Bożego, którego pasterzem jest papież. W apsydzie znajduje się scena Koronacji Matki Bożej wykonana w 1295 według projektu Jacopo Torritti. Ołtarz główny osłania baldachim, a pod nim znajdują się relikwie żłobka Jezusa (Sacra Culla).
Do bocznej nawy, po prawej stronie, przylega do bazyliki baptysterium z XIX-wiecznym wnętrzem. Z baptysterium można przejść do zakrystii, której ściany i sklepienie pokrywają freski. Wśród nich widnieje obraz przedstawiający zamek w Malborku.