Powodem wybuchu zamieszek była wizyta Ariela Szarona na Wzgórzu Świątynnym w Jerozolimie (28 września 2000) i zabicie palestyńskiego nastolatka przez izraelskiego snajpera. Druga intifada od nazwy Wzgórza Świątynnego nosi nazwę Al-Aksa.
29 września wybuchły gwałtowne zamieszki w wielu miastach Autonomii Palestyńskiej, w których zginęło 18 Palestyńczyków i 1 Izraelczyk. Po raz pierwszy wystąpiła wówczas zbrojnie organizacja Brygady Męczenników Al-Aksa.
4 października władze Autonomii podjęły decyzję o uwolnieniu przetrzymywanych dotąd więźniów, odpowiedzialnych m.in. za zamachy w Izraelu.
12 października tłum Palestyńczyków dokonał linczu 2 izraelskich żołnierzy na posterunku policji palestyńskiej w Ramalli. W odwecie izraelskie śmigłowce zniszczyły ten posterunek.
W obliczu eskalacji przemocy amerykański prezydent Bill Clinton przygotował szczyt izraelsko-palestyński w egipskim kurorcie Szarm el-Szejk (16–17 października 2000). Zawarte porozumienie zobowiązywało obie strony do powstrzymania przemocy. Tym postanowieniom nie podporządkowały się jednak radykalne ugrupowania palestyńskie, takie jak Hamas, ani izraelska armia.