Doprowadził też do zniesienia amnestii wobec członków junty wojskowej rządzącej Argentyną w latach 1976–1983, oskarżanych o łamanie praw człowieka.
W 2007, pomimo wysokiego poparcia społecznego, nie zdecydował ubiegać się o reelekcję. Poparł kandydaturę swojej żony, Cristiny Fernández de Kirchner i wspierał ją w czasie kampanii wyborczej. Po jej zwycięstwie, 10 grudnia 2007 przekazał jej urząd prezydenta.
Kariera polityczna po zakończeniu prezydentury Po zakończeniu kadencji prezydenckiej Néstor Kirchner do czerwca 2009 zachował stanowisko przewodniczącego Partii Justycjalistycznej. Pełnił funkcję doradcy prezydent Fernández de Kirchner i miał duży wpływ na politykę rządu swojej żony. Był uważany za kandydata Partii Justycjalistycznej w wyborach prezydenckich w 2011. W wyborach parlamentarnych w czerwcu 2009 zdobył mandat deputowanego do Izby Deputowanych w prowincji Buenos Aires, który objął 3 grudnia 2009 i pełnił do chwili śmierci.
4 maja 2010 objął urząd pierwszego w historii sekretarza generalnego Unii Narodów Południowoamerykańskich (UNASUR). Na stanowisku tym zaangażował się w rozwiązywanie regionalnych konfliktów politycznych, m.in.