Wybory prezydenckie i prezydentura W 2003 roku stanął do walki o urząd prezydenta Argentyny. Jego głównym rywalem był Carlos Saúl Menem, prezydent Argentyny w latach 1989–1999. W pierwszej turze wyborów 27 kwietnia 2003 zdobył 22% głosów, przegrywając z Menemem, który uzyskał o 2% głosów więcej. Sondaże przed drugą turą wyborów wskazywały na zdecydowane zwycięstwo Kirchnera (z przewagą kilkudziesięciu procent głosów). W tej sytuacji Menem zdecydował wycofać się z wyborów, co oznaczało automatyczne zwycięstwo dla Kirchnera. 25 maja 2003 r. został uroczyście zaprzysiężony na stanowisku szefa państwa i rządu.
thumb|180px|Néstor Kirchner razem z żoną w dniu jej zaprzysiężenia na urząd prezydenta Prezydenturę objął po kryzysie finansowym i gospodarczym w Argentynie z lat 2001–2002, z powodu którego ze stanowiska zrezygnował prezydent Fernando de la Rúa. Kirchner do grudnia 2003 formalnie kończył jego konstytucyjną kadencję. Jako prezydent nadzorował wyjście kraju z kryzysu. Renegocjował warunki oddłużenia kraju. W 2005 wynegocjował zmianę warunków spłaty 100 mld USD państwowego zadłużenia. W 2006 spłacił 9,8 mld USD długu zaciągniętego w Międzynarodowym Funduszu Walutowym.