Sekcja Ornitologiczna spełniała rolę integratora krajowej społeczności ornitologów, [dostęp 2016-03-14]..
Dla wymiany doświadczeń i badań naukowych służyły organizowane przez Sekcję zjazdy oraz spotkania Sekcji, które odbywały się w ramach cyklicznych zjazdów Polskiego Towarzystwa Zoologicznego.
Ogólnopolskimi działaniami Sekcji były m.in.: Liczenie zimujących ptaków wodnych prowadzone od 1965 w ramach programu międzynarodowego, ostatnio głównie w programach regionalnych; Inwentaryzacja występowania w Polsce dropia, głuszca, remiza, zimorodka (w latach 1960.); Zbieranie materiału do europejskiego atlasu rozmieszczenia ptaków Polski przyjęte na zjeździe Sekcji w 1972 r. jako jej główne zadanie badawcze; Wydawanie, od 1960 r., głównego krajowego czasopisma ornitologicznego Ornis Polonica (w latach 1960–2009 pod nazwą „Notatki Ornitologiczne”)Strona pisma . Formalna weryfikacja krajowych stwierdzeń faunistycznych prowadzona od 1972 r. przez Komisję FaunistycznąStrona komisji ., która do 2006 r. wydała ok. 9 tys. orzeczeń.