Wyspy składają się zawsze z 10 etapów: sześciu „zwykłych”, w których gracz musi dotrzeć do gongu, by móc kontynuować przygodę, dwóch z udziałem bossów (którym pojawiają się po przejściu trzech „zwykłych” rund) oraz dwóch sekretnych, do których dostęp umożliwiany jest po tym, gdy w trzech poziomach „zwykłych” zostanie pokonany boss oraz są odnalezione wszystkie 18 Gobbos; celem na tych poziomach jest zebranie puzzla. Po zebraniu wszystkich ośmiu elementów układanki udostępniana jest piąta, sekretna wyspa, złożona z czterech poziomów bazujących na klimacie każdej z czterech wysp i piątego poziomu. W tym ostatnim celem gracza jest pokonanie kolejnego, dziewiątego bossa.
Podczas rozgrywki Croc może biegać, skakać, pływać i wspinać się po niektórych ścianach, a jego broń stanowią: atak ogonem oraz tzw. tąpnięcie, które wykonujemy poprzez dwukrotne wciśnięcie klawisza skoku. Ten ostatni manewr służy także do niszczenia pudełek, stanowiących znak rozpoznawczy serii. Przydatną zdolnością jest możliwość nagłej zmiany kierunku ruchu o 180 stopni jednym klawiszem, co znacznie ułatwia manewrowanie w świecie 3D.