Pierwsza i najsilniejsza, w El Alamein na wybrzeżu, została częściowo odrutowana i zaminowana przez 1 Dywizję Południowoafrykańską. Strefa Bab el Qattara – około 32 km od wybrzeża i 13 km na południowy zachód od grzbietu Ruweisat – została okopana, ale nie została odrutowana ani zaminowana, podczas gdy w polu Naq Abu Dweis (na skraju depresji Kattara), 55 km od wybrzeża, wykonano jeszcze mniej prac.
Pozycja Brytyjczyków w Egipcie była rozpaczliwa, ucieczka z Mersa Matruh wywołała panikę w brytyjskiej kwaterze głównej w Kairze, coś, co później określono jako „Flap”. W dniu, który zaczęto nazywać „Środą Popielcową”, w brytyjskiej kwaterze głównej, jednostkach tyłowych i brytyjskiej ambasadzie dokumenty zostały pospiesznie spalone w oczekiwaniu na rychły upadek miasta. Auchinleck – choć wierzył, że może powstrzymać Rommla pod Alamein – czuł, że nie może zignorować możliwości, w której zostanie ponownie przechytrzony lub pokonany. Aby zachować swoją armię, musiał zaplanować możliwość dalszego odwrotu, utrzymując jednocześnie wysokie morale i zachowując wsparcie oraz współpracę ze strony ludności egipskiej. Na zachód od Aleksandrii i na podejściach do Kairu zostały zbudowane pozycje obronne, podczas gdy znaczne obszary w delcie Nilu zostały zalane.