Od 1543 prowadził działalność wydawniczą, publikując utwory muzyczne zarówno własne, jak i innych znanych kompozytorów. Stworzył pierwsze wydawnictwo muzyczne w Niderlandach (wcześniej wydawnictwa muzyczne działały głównie we Włoszech, Francji i Niemczech). 20 lipca 1543 otrzymał pierwszy przywilej wydawniczy ważny na 3 lata. Swoją pierwszą publikację, Vingt et six chansons musicales, dedykował Marii Habsburżance, namiestniczce Niderlandów. Od 1546, kiedy jego przywilej wygasł, Susato skierował swoje zainteresowania ku muzyce religijnej, wydając pierwszą księgę mszy i motetów. Prawdopodobnie w tym samym czasie Susato przeszedł do kalwinistów – dokumenty z ostatniego okresu życia Susato wskazują na jego silny związek z tym ruchem.
We wrześniu 1549 Susato wraz z innymi instrumentalistami otrzymał dymisję z kapeli miejskiej. Nic dziwnego, że uzyskanie w listopadzie 1549 kolejnego przywileju na wydanie 11 ksiąg chansons wymagało rekomendacji nadwornego kompozytora Benedictusa Appenzellera.