Pod rządami Husajna Bajkary Herat stał się kwitnącym ośrodkiem kultury, lecz jego dzielnica zaczęła chylić się ku upadkowi wraz z buntem jego syna Badi az-Zamana (1506–1507) w roku 1497, po którym nastąpiły kolejne niepokoje. Jednocześnie wraz ze śmiercią synów Abu Sa’ida w roku 1494/1495 Mawarannahr stał się areną kolejnych walk pomiędzy Timurydami. Tę sytuację wykorzystał wódz Uzbeków Muhammad Szibani (1500–1510), który po podboju Azji Środkowej w roku 1507 zajął także Herat wraz z Chorasanem. Szibani zginął z rąk Safawidów w roku 1510 i wnuk Abu Sa’ida, Babur (1494–1530), próbował wykorzystując ten fakt restytuować panowanie Timurydów w Azji Środkowej. Nie udało mu się jednak utrzymać Mawarannahru i w roku 1514 na stałe wycofał się do Kabulu, skąd później w roku 1526 przedsięwziął udany najazd na Indie. Indyjscy Timurydzi są jednak zazwyczaj traktowani jako odrębna dynastia, w stosunku do której używa się nazwy Wielcy Mogołowie.