Po śmierci Szahrucha wybuchła kolejna wojna sukcesyjna, w trakcie której jego potomkowie nie wahali zabijać się nawzajem, co doprowadziło do upadku prestiżu linii Szahrucha. Z największym potępieniem spotkało się zabicie seniora dynastii Uług Bega (1409–1449) przez jego syna Abd-al-Latifa (1449–1450). Tę sytuację wykorzystał dotychczasowy wasal Szahrucha, przywódca Kara Kojunlu Dżahanszah (1438–1467), który do roku 1452 zajął centralny i zachodni Iran. W roku 1451 z pomocą Uzbeków Abulchajra Abu Sa’id (1451–1469), wnuk Miranszaha (1405–1408), zajął Samarkandę, a w roku 1458 wykorzystując panujący w Chorasanie zamęt na powrót zjednoczył władztwo Timurydów. Kiedy Dżahanszah zginął w walce z wodzem Ak Kojunlu Uzun Hasanem (1452–1478) Abu Sai'd próbował wykorzystać tę sytuację do odzyskania terytoriów na zachodzie, jednak jego wyprawa przeciwko Uzun Hasanowi w roku 1468 zakończyła się katastrofalną klęską i jego śmiercią. Ak Kojunlu zajęli Herat, gdzie ustanowili władzę swojego protegowanego Jadgara Muhammada (zm. 1470), jednak wycofali się z powodu zagrożenia ze strony Osmanów. Ostatecznie terytoria Timurydów uległy podziałowi pomiędzy panującym w Heracie Husajnem Bajkarą (1470–1506) oraz trzema synami Abu Sa’ida, którzy rządzili odpowiednio w Samarkandzie, Kotlinie Fergańskiej i Badachszanie.