Po kolejnej przebudowie w latach 1888-1890 budynek został powtórnie poświęcony przez prawosławnego biskupa lubelskiego Flawiana 24 lutego 1891, przyjmując wezwanie Narodzenia Matki Bożej. W ceremonii brało udział dwunastu innych kapłanów, zaś asystowali przy niej przedstawiciele rosyjskich władz cywilnych i wojska oraz mniszki z monasteru w Leśnej Podlaskiej na czele z ihumenią Katarzyną. W 1898 świątynię odwiedzali biskup lubelski Tichon oraz arcybiskup chełmski i warszawski HieronimG. J. Pelica, Dzieje parafii świętych Cyryla i Metodego w Białej Podlaskiej, "Wiadomości Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego", nr 2 (243), luty 2010, ISSN 0239-4499..
I wojna światowa W 1915 roku świątynia została opuszczona przez księży prawosławnych wraz z wycofaniem się z Białej Podlaskiej armii rosyjskiej. Po zajęciu miasta przez żołnierzy niemieckich została zamieniona na ewangelicki kościół garnizonowy. W 1916 roku na zlecenie i pod kierunkiem armii austro-węgierskiej przeprowadzono w kościele badania archeologiczne, których rezultatem było odnalezienie w podziemiach trumny św. Jozafata Kuncewicza.
W 1917 roku podjęto starania przywrócenie świątyni funkcji katolickiego sanktuarium. Nie dały one jednak rezultatu. Decyzją władz okupacyjnych relikwiarz św.