Również w czasie remontu, aby zapobiec pielgrzymkom katolików do kościoła, gdzie znajdowały się relikwie błogosławionego (od 1867 świętego) nakazano je ukryć. Zarządzeniem władz carskich podczas remontu wnętrza świątyni w 1873 roku trumnę z ciałem Jozafata Kuncewicza pochowano w podziemiach cerkwi i zamurowano w jednej z krypt.
Parafia w Białej Podlaskiej była jedną z pierwszych, które podczas narzuconej konwersji unitów chełmskich i podlaskich na prawosławie, przystąpiły do Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. Było to efektem działalności służącego w niej od 1867 ks. Mikołaja Liwczaka, moskalofila. 12/24 stycznia 1875 w bialskiej świątyni odbyła się ceremonia przyjęcia do Kościoła prawosławnego 50 tys. unitów i 26 kapłanów z 45 najbliższych parafii, którą poprowadził arcybiskup warszawski Joannicjusz.