Ekskomunika Za nieposłuszeństwo wobec decyzji o interdykcie kościelnym nałożonym na parafię św. Stanisława Kostki w St. Louis oraz za opuszczenie bez zgody biskupa wyznaczonego mu miejsca pracy ksiądz Marek Bożek został 2 grudnia 2005 roku suspendowany, a następnie w związku z niezastosowaniem się do nałożonej kary kościelnej 16 grudnia 2005 roku ekskomunikowany.
Wbrew ekskomunice z 2005 roku ksiądz Marek Bożek pozostał proboszczem parafii św. Stanisława Kostki w St. Louis, która w 2006 roku została skreślona z listy parafii rzymskokatolickich przez arcybiskupa St. Louis.
Otwarcie zaczął przyznawać się do sympatyzowania z katolickim liberalizmem. 11 listopada 2007 roku uczestniczył w święceniach kapłańskich kobiet Rose Marie Dunn Hudson i Elsie Hainz McGrath ze wspólnoty Roman Catholic Womenpriests, które miały miejsce w synagodze reformowanej w Saint Louis. W lutym 2008 roku ogłosił siedmiopunktowy program doktryny parafii św. Stanisława Kostki w St. Louis. Wystosował również listy do zwierzchnika Reformowanego Kościoła Katolickiego i wikariusza generalnego prałatury personalnej Married Priests Now!, w których zadeklarował chęć przystąpienia do tych wspólnot.