Co prawda bezpośredni udział w zdarzeniu brał Henryk Łubieński, ale Tomasz wiedział o tym i jako wiceminister spraw wewnętrznych próbował zatuszować sprawę. Jako senator podpisał 25 stycznia 1831 roku akt detronizacji Mikołaja I RomanowaDyaryusz Sejmu z R. 1830–1831, wydał Michał Rostworowski, T. I, Kraków 1907, s. 244.. Następnego dnia po detronizacji Mikołaja I, czyli 26 stycznia, Tomasz Łubieński zgłosił poprawkę do protokołu obrad senatu zastrzegającą, że pozbawienie cara tronu polskiego odbyło się z inicjatywy izby poselskiej, a senatorowie zmuszeni byli iść w ślad za nią.
10 lutego 1831 r. Tomasz Łubieński został mianowany dowódcą liczącego 33 szwadrony jazdy i 16 dział II korpusu jazdy. W bitwie pod Wawrem udało mu się ochronić swój korpus od zmiażdżenia przez przeważające siły rosyjskie. Józef Chłopicki i Ignacy Prądzyński zarzucali Łubieńskiemu, że zmarnował szansę zwycięstwa wojsk powstańczych pod Grochowem (25 lutego) odmawiając wykonania rozkazu ataku swoją kawalerią. Późniejsi historycy usprawiedliwiają tu byłego bohatera spod Wagram i Berezyny oceniając, że decyzja Łubieńskiego była słuszna, gdyż w tej fazie walk szarża kawalerii nie odmieniłaby losów bitwy, a doprowadziła do niepotrzebnych strat. Z zarzutami zajmowania dwuznacznego stanowiska w wojnie polsko-rosyjskiej spotkał się jeszcze Łubieński kilkakrotnie.