W Kanadzie królowa zyskała wielką popularność i w późniejszych latach często odwiedzała ten kraj. thumb|Elżbieta Bowes-Lyon w 1939 thumb|Elżbieta Królowa i księżniczka Elżbieta (po prawej) rozmawiają z brytyjskimi spadochroniarzami przygotowującymi się do D-Day, 19 maja 1944 Po wybuchu wojny istniały plany ewakuacji królowej i córek do USA lub Kanady, czego Elżbieta odmówiła, tłumacząc, że nie opuści męża i rodaków w obliczu zagrożenia. Kiedy podczas niemieckich nalotów na Wyspy Brytyjskie ministrowie nakłaniali królową, aby wyjechała z Londynu, Elżbieta odpowiedziała: Dzieci nigdzie nie pojadą beze mnie, ja nie opuszczę króla, a król nigdy nie wyjedzie. Deklaracja ta przyniosła jej popularność wśród Brytyjczyków. Para królewska odbywała w okresie wojny wiele podróży po kraju, odwiedzając zbombardowane miasta i fabryki oraz rannych w szpitalach. Elżbieta była tytularnym dowódcą służby pielęgniarskiej w Wielkiej Brytanii.
W 1947 wraz z mężem odbyła długą podróż po Afryce Południowej, a w następnym roku obchodziła jubileusz 25-lecia małżeństwa. Na początku lat 50. choroba króla ograniczyła jego aktywność publiczną.