W krótkim czasie osiedliło się w mieście 141 Niemców. Mimo to Żnin był stosunkowo mało zgermanizowany i nigdy nie stracił swojego polskiego charakteru. Okres rozbiorów przyniósł burzenie miejskich fortyfikacji i umocnień, likwidację kościoła św. Trójcy na Ostrowie (1817 r.) i klasztoru dominikańskiego wraz z kościołem św. Jana Chrzciciela (1820 r.) Ostatecznie zostały rozebrane mury miejskie (Brama Toruńska w 1820 r.) Fragmenty części fundamentowej murów znajdują się na lewym brzegu Gąsawki (przy moście na ulicy 700-lecia) i w piwnicy budynku przy ulicy Podmurnej 17. thumb|Sufragania, dawny dwór biskupi z 1795 roku Wojska insurekcyjne kontrolowały Żnin od września do listopada. W 1806 r. przez miasto przeszły wojska napoleońskie. Od lipca 1807 r. do 1815 r. Żnin wchodził w skład Księstwa Warszawskiego. W latach 1818–1887 utworzono Wielkie Księstwo Poznańskie. Żnin położony był w obrębie powiatu szubińskiego, podlegającego departamentowi bydgoskiemu. W pierwszej połowie XIX w. Żnin ponownie wszedł na ścieżkę dynamicznego rozwoju. Brukowano drogi, stawiano budynki, rozwijał się handel i rzemiosło. W czasie Wiosny Ludów 9 kwietnia 1848 r. w Żninie wybuchło powstanie. Do 17 maja 1848 r. władzę przejęli Polacy. W 1867 r. powstała pierwsza Polska Spółka Pożyczkowa w Żninie przekształcona później w Bank Ludowy.