miasto weszło w skład województwa kaliskiego. W czasie wojny trzynastoletniej Żnin wystawił w 1458 roku 15 pieszych na odsiecz oblężonej polskiej załogi Zamku w MalborkuKodex dyplomatyczny Wielkiej Polski; Codex diplomaticus Majoris Poloniae zawierający bulle papieżów, nadania książąt, przywileje miast, klasztorów i wsi, wraz z innemi podobnéj treści dyplomatami, tyczącemi się historyi téj prowincyi od roku 1136 do roku 1597; zebrany z materyałow przez Kaźmierza Raczyńskiego byłego Generała W. Polskiego i Marszałka nadwornego koronnego przysposobionych; wydany przez Edwarda Raczyńskiego, Poznań 1840, s. 181.. Od początku XVII w. datuje się upadek miasta. Przed wielką zarazą w 1628 r., kiedy mieszkańcy na jakiś czas opuścili Żnin, w mieście było 201 domów mieszkalnych. W czasie potopu szwedzkiego zniszczeniu uległy mury obronne (częściowo), fosy, brama, wiatrak, cegielnia, łaźnia miejska. Po potopie odnotowano 96 domów. Kolejne spustoszenia spowodowały pożary w 1678, 1692 i 1700 r. Wielu żninian przeniosło się do Gniezna, Kcyni i Żernik. Latem 1772 r. wskutek I rozbioru Polski Żnin znalazł się pod zaborem pruskim. Miasto znalazło się w granicach powiatu inowrocławskiego (obwód nadnotecki). Zamieszkiwane było przez 613 mieszkańców (było większe m.in. od Bydgoszczy i Inowrocławia) i posiadało 120 domów mieszkalnych.