Po wylądowaniu w pobliżu dzisiejszego Lagos w listopadzie 1825 roku członkowie ekspedycji ruszyli na północ, w kierunku ziem starożytnego królestwa Joruba. Maszerowali przez Benin, obszar cieszący się złą sławą ze względu na choroby tropikalne. Wkrótce też większość europejskich uczestników wyprawy była chora. Jedynie Clapperon i Lander mogli o własnych siłach dotrzeć do stolicy Youraby, Katunga w styczniu 1826. W dwa miesiące później dotarli do Bussy nad brzegiem Nigru. Stamtąd wrócili do Sokoto, gdzie odpoczywali przez niemal cały rok bezskutecznie próbując znaleźć przewodników, którzy doprowadziliby ich do Timbuktu, skąd zamierzali spłynąć Nigrem aż do ujścia.

W Sokoto Clapperon zachorował na dyzenterię i zmarł w 1827 roku. Lander wrócił do Kano, a następnie do Anglii, dostarczając do Londynu zapiski zmarłego.

Zapiski Notatki ze wszystkich podróży Clapperona do Afryki zostały opublikowane w Anglii pośmiertnie. W roku 1828 ukazała się jego praca Narrative of Travels and Discoveries in Northern and Central Africa, a w roku następnym pamiętnik zatytułowany Journal of a Second Expedition into the Interior of Africa.