Obaj podróżnicy wędrowali przez północnonigeryjski region Hausa, docierając do ważnego ośrodka karawanowego Kano w styczniu 1824. Tam Oudney zmarł na zapalenie płuc, a Clapperton udał się w dalszą podróż, docierając do miasta Sokoto, gdzie spotkał się z silnym oporem lokalnych kacyków muzułmańskich obawiających się, że obecność Brytyjczyków w rejonie Zatoki Gwinejskiej może zagrozić ich intratnemu handlowi żywym towarem. Zmuszony do zawrócenia bez zdobycia podstawowych wiadomości o rzece Niger wrócił wraz z Denhamem do Trypolisu, skąd – w czerwcu 1825 – dotarli do Londynu. Ich sprawozdanie dla rządu brytyjskiego i Towarzystwo Afrykańskie (które wciąż oczekiwało na doniesienia od niemieckiego badacza Hornemanna zaginionego przed dwudziestu laty) spowodowało wysłanie Clappertona raz jeszcze do Afryki.
Wyprawa druga i ostatnia Awansowany do stopnia kapitana Clapperton wyruszył w sierpniu tego samego roku do Zatoki Gwinejskiej. Tym razem postanowił zbadać bieg Nigru od południa i dotrzeć do Timbuktu. Członkami wyprawy byli tym razem Richard Lemon Lander i przewodnik z plemienia Hausa William Pascoe.