Na mieszkańców Janowa spadły represje za czynne wspieranie Insurekcji Kościuszkowskiej.
W XVIII w. Janów nawiedziły pożary w latach 1740, 1753, 1754. Ostatni pożar był najbardziej niszczący – społeczność żydowska straciła 60 domostw oraz synagogę. Pod koniec XVIII w. Janów liczył ponad dwa tysiące osób.
XIX w. W 1804 r. ogromny pożar zniszczył 71 zabudowań. Mimo pomocy Ordynacji część pogorzelców opuściła miasto. Wkrótce po tych wydarzeniach Ordynacja sprowadziła kilkudziesięciu sukienników ze Śląska. Przybyłych osadzono na Błoniach budując dla nich osadę Sukiennia. Po powstaniu listopadowym zamknięto granicę celną z Imperium Rosyjskim a to spowodowało upadek miejscowego sukiennictwa. thumb|Budynek dawnej Kancelarii Obwodu Ordynacji Zamojskiej (1818–1823) Po utworzeniu Królestwa Polskiego, Janów należał do obwodu zamojskiego, obejmującego wówczas dobra z obecnymi powiatami: zamojskim, biłgorajskim, zachodnią częścią tomaszowskiego i janowskim zwany kraśnickim. Centrum obwodu oraz siedzibą władz administracyjnych i sądowych był Zamość. Kiedy rządy w Królestwie objął Wielki Ks. Konstanty, zażądał od ordynacji, aby twierdza Zamość została oddana wyłącznie na użytek wojska. Ordynacja zaproponowała Janów, leżący w środku obwodu, na nowe centrum administracyjne.