W 1648 r. Janów został najechany i spalony przez wojska Chmielnickiego. Cztery lata później zaraza dotkliwie zmniejszyła stan liczebny mieszkańców. Jan Sobiepan Zamoyski chcąc podnieść region z ruiny zezwolił w 1652 r. na osiedlenie się w mieście Żydów i uprawianie przez nich rzemiosła. W 1661 r. powstał kahał. W 1653 r. w mieście osiedlono znaczną część Tatarów, wziętych do niewoli podczas obrony Rusi. Ludność tatarska wkrótce zlała się z miejscową. W 1660 r. do Janowa sprowadzono dominikanów, objęli oni ufundowany przez ordynację kościół i klasztor. IV Ordynat oznaczył granice miejskie, ustalił wysokość podatków. Pozwolił mieszczanom produkować gorzałkę, piwo i miód pitny. Pod koniec XVII w. Janów liczył około tysiąca mieszkańców.
XVIII w. Mieszczanie trudnili się rzemiosłem, handlem i rolnictwem. W mieście swoją siedzibę miało 11 cechów: rzeźnicki, kowalski, krawiecki, sukienniczy, tkacki, garncarski, szewski, bednarski, kołodziejski, kuśnierski, piekarski). Po I rozbiorze polski (1772 r.) Janów znalazł się pod panowaniem Austrii (Cesarstwo Austriackie powstało dopiero 1804 r.). W 1776 roku na skutek układu między Austrią a Rzecząpospolitą miasto z powrotem wróciło w granice Polski. Na mocy traktatu rozbiorowego z 1795 r. Janów ponownie dostał się pod panowanie austriackie.