Uwieńczeniem badań nad epoką była synteza Barok – epoka przeciwieństw.
Janusz Pelc był też pomysłodawcą i redaktorem naczelnym interdyscyplinarnego czasopisma naukowego – półrocznika „Barok”, który powstał w 1994 jako efekt wieloletniego zainteresowania epoką i zyskał rozgłos międzynarodowy.
Równolegle do studiów analitycznych Pelc prowadził prace edytorskie. Dla serii „Biblioteka Narodowa” przygotował wydania autorów renesansu – Jana Kochanowskiego (Fraszki, 1957 i wznowienia; Treny, 1969 i liczne wznowienia) i Szymona Szymonowica (Sielanki, 1964 i wznowienie). Wydał też w BN barokowego Zbigniewa Morsztyna (Wybór wierszy, 1975). Osobno przygotował (wraz z żoną Pauliną Buchwald-Pelcową) pierwszą pełną – zawierającą ilustracje – edycję Emblematów Morsztynowych (2001). Prace edytorskie Pelca cechuje precyzja w zakresie ustalania tekstu oraz kształtowania komentarza.
Wśród wypromowanych przez niego doktorów znaleźli się: Zygmunt Kubiak, Magdalena Piskała, Jacek Głażewski.